本工作参加全国大学生生命科学竞赛科学探究类所有分析代码均为原创现开源分享供评委审阅及同行交流。--- 代码文件说明本分析共包含3个核心R脚本对应实验记录中的3个分析步骤文件名功能对应实验步骤01_数据预处理.R数据合并、离群值处理、KNN填充11.102_差异分析.R基于EAA分组的粪便菌群差异分析11.203_PCA.RPCA计算与作图11.3--- 使用环境- R版本≥ 4.2.0- 依赖包dplyr, tidyr, openxlsx, data.table, ggplot2, mgcv, ggpubr, stringr, readxl, writexl, tidyverse, doBy, pls, FactoMineR, factoextra, mixOmics, limma, sva# 一键安装所有依赖install.packages(c(dplyr, tidyr, openxlsx, data.table,ggplot2, mgcv, ggpubr, stringr,readxl, writexl, tidyverse, doBy,pls, FactoMineR, factoextra, mixOmics))BiocManager::install(c(limma, sva))