常规宏基因组测序中宿主、细菌和真菌序列占绝大多数病毒reads通常不足1%部分样本中甚至低于0.01%。大量低丰度及未知病毒的信号因此被淹没在背景序列中难以有效检出。想要真正解析病毒组全貌病毒颗粒VLP富集是宏病毒组研究的关键前置方案帮你把藏在样本中的噬菌体、真核病毒“拎出来”大幅提升病毒检出与基因组挖掘能力。一、病毒颗粒富集的方法宏病毒组研究的核心难点在于样本内病毒颗粒占比极低需要通过病毒颗粒富集VLP富集去除宿主细胞、细菌碎片与游离裸核酸专门保留衣壳包裹的成熟病毒颗粒。目前主流富集方案包含PEG沉淀、超滤浓缩、超速离心含蔗糖垫/密度梯度超离等不同方法各有适用场景。图1.富集方法二、实测结果展示1. 病毒丰度从定量结果中可以清晰看到差异采用常规宏基因组方案、不做病毒富集Unenriched时样本中病毒序列的相对丰度整体处于很低的水平病毒信号被大量细菌、宿主核酸背景淹没。而经过超速离心病毒颗粒富集Enriched处理之后病毒的相对丰度得到显著提升两组差异具有统计学意义p0.05。这组数据直观证明病毒富集可以高效去除非病毒背景核酸显著拉高病毒reads占比帮助科研工作者捕获更多原本难以检出的病毒为后续高质量病毒基因组组装、未知病毒挖掘打下坚实的数据基础。图2.病毒相对丰度比较2. 病毒组装质量评估采用常规宏基因组、不做病毒富集Unenriched时能组装得到的中高质量病毒数量极低几乎很难挖掘出可用的完整病毒基因组而经过超速离心VLP富集处理Enriched之后中高质量病毒检出数量实现大幅度增长两组差异达到极显著水平p0.001。说明单纯宏基因组受高背景干扰病毒reads碎片化严重很难组装出合格的病毒基因组。超速离心富集去除大量宿主、细菌杂质核酸后病毒序列有效占比提升组装连续性显著改善能够产出大量中高质量病毒基因组支撑病毒基因功能、宿主预测、进化分析等深度课题研究。图3.不同质量等级病毒contig数量对比三、文献佐证不止我们的内部数据大量已发表宏病毒组文献也报道了一致结论病毒颗粒富集能够有效提升病毒reads占比显著改善病毒组装效果获得更多病毒基因组。富集后的宏病毒组在不同环境中相较于宏基因组能捕获到更多的病毒序列宏病毒组测序获得的病毒总数比宏基因组更高且可以检测到更高的病毒物种丰富度图4。富集后的病毒组测序在检测病毒物种丰富度和基因组完整性方面表现优于宏基因组测序而宏基因组测序在这些高复杂度的环境中往往难以拼装出高质量的病毒基因组图5。图4.宏病毒富集测序读段数和病毒序列富集度均高于宏基因组图5. 病毒组比宏基因组能组装出更完整的病毒基因组四、送样量建议百易汇能全新推出超速离心VLP富集宏病毒组方案依托优化的超速离心前处理体系高效去除样本中宿主、细菌及游离核酸背景干扰。样本实测数据证实相比常规无富集宏基因组超速离心富集可显著提升病毒序列相对丰度大幅增加中高质量病毒检出数量全面提升各级别病毒 contig 产出甚至可组装获得完整病毒基因组。无论您聚焦病毒生态解析、新病毒资源发掘、宏样本的病毒基因组装还是冲刺高分文章百易汇能超速离心富集宏病毒组帮您突破传统宏基因组的技术瓶颈解锁样本中隐藏的病毒世界。若您有项目设计、样本处理相关疑问欢迎随时联系我们当地销售或客服期待您的来电咨询参考文献Viromes vs. mixed community metagenomes: choice of method dictates interpretation of viral community ecology.Microbiome,2024.关于百易汇能武汉百易汇能生物科技有限公司坐落于武汉光谷高农生物园总部是一家专注于第二代、第三代测序技术在人类健康和生命科学研究两大领域的高新技术企业。公司引进了高通量基因测序平台、单细胞平台、质谱平台以及华为超算平台。现有自主开发的发明专利6项实用新型专利15项软著60余项。成立以来累计参与发表文章2200余篇包括CellNature GeneticsPNASFood chemistry等各领域顶级期刊。宏病毒组 - 武汉百易汇能生物科技有限公司http://www.bioyigene.com/keyan/weishengwu/hongbing/