【免费下载链接】Agentero为人与 Agent 协作而生的一站式科研工作台项目地址https://gitcode.com/gh_mirrors/ag/Agentero点击查看免费下载Agentero 是一款为人与 Agent 协作而生的一站式科研工作台。本文将从零讲清 Agentero 论文精读工作流如何在 PDF 里做高亮和批注、如何用视觉批注框选插图与公式、再把所有零散标注沉淀进 NOTES 笔记形成一套完整、可复用的科研笔记体系。论文精读工作流一览从 PDF 高亮到 NOTES 整理在 Agentero 中打开一篇论文整个精读流程会自然分成三步阅读 PDF划词高亮、翻译、向 Agent 提问深度批注对插图、表格、算法、公式做视觉区域批注沉淀笔记把长期结论写进NOTES.md用双链把批注与笔记串联起来。官方使用文档把这套流程完整写在 docs/usage/read-and-organize.md整体架构可参考 docs/architecture.md。打开论文PDF 与 NOTES 自动左右分屏在 Library论文库中点击论文行或在左侧文件树中打开论文目录下的 PDF中间栏会默认进入左右分屏左侧是 PDF右侧是NOTES.md笔记面板。可用标题栏 Layout 菜单或快捷键开关 NOTES 面板再打开另一篇论文时会叠加到同一两栏PDF 与 NOTES 同步切换不会无限拆分新列面板由 Dockview 管理支持上下左右分屏、拖拽文件树条目并入某一侧。这种左文献、右笔记的布局是论文精读工作流的起点阅读与整理始终在同一个窗口内完成。PDF 文本高亮三步完成划词标注对正文做高亮只需三步全程不修改原始 PDF在 PDF 中拖选一段文本在选区菜单中选择颜色创建高亮需要写解释时把指针移到页右缘对应高度的竖向评论入口输入批注并提交——带评论的高亮会常驻在页右缘评论列点击卡片即可修改。几个对新手很友好的细节选区菜单同时提供高亮 / 复制 / 提问 / 翻译复制成功后按钮变成对勾菜单不收起方便连续操作右侧批注面板可列出当前 PDF 的所有提问与视觉批注支持一键跳转 / 删除所有标注保存在论文目录的marks/中不写进原始 PDF也不自动追加到NOTES.md——标注是短期阅读动作笔记才是长期结论两者刻意分离。提示扫描件没有文本层时选词能力会受限这不是文件损坏。高亮与批注的数据结构定义在 src/lib/pdf/highlight/annotation-store.ts 与 src/lib/pdf/marks/schema.ts批注统一读写逻辑见 src/lib/pdf/annotations-store.ts。视觉批注给插图、表格和公式做框选批注科研论文里最有价值的信息往往不在文字段落而在插图、表格、算法框和公式里。Agentero 的视觉批注专门解决这个问题打开 PDF 后按⌘.或点工具栏按钮进入框选模式框选插图、表格、算法或公式区域输入批注备注保存或者按⌘Enter直接针对该区域向 Agent 提问批注写入marks/id.json裁剪出的区域图自动存入marks/assets/。已保存的视觉批注会出现在页右缘评论列点击卡片即可就地修改备注。更妙的是你可以在笔记里用[[论文批注id]]引用它实现从 NOTES 一键跳回 PDF 上被框选的那个公式。配合版面分析Figures 侧栏这套能力会更强大打开论文后把右侧栏切到 FiguresPP-DocLayoutV3 模型会自动检测出全文的插图、表格、算法和编号公式点击条目即跳转鼠标悬停在检测区域还会显示单击进行批注提示。详见 docs/frontend/pdf.md 与 docs/frontend/pdf-layout-analysis.md。划词提问与翻译让 Agent 陪你精读选中一段文字后选区菜单里的提问会把这段文本连同页码作为上下文发给 Agent你只需输入问题即可获得针对原文的解释还能继续追问。回答同样记录在marks/目录中之后可随时跳转回看。翻译则覆盖了两种场景选区翻译选中原文→点翻译支持 Agentero 内置服务、免费机器翻译或 BYOA Agent全文翻译PDF 工具栏中的 Languages 按钮依赖版面分析按阅读顺序分批翻译正文译文直接覆盖在原文位置且高亮和批注会落在对应的英文句子上缓存写在{paper}/source/layout-translate.json不改 PDF。划词提问依赖已配置的 BYOA Agent可在设置 → Agent中安装和管理本机 ACP Agent如 Codex、Claude、OpenCode 等官方安装包默认内置翻译服务无需填写任何 Key。整理 NOTES.md从标注到结构化笔记精读的终点不是标了很多颜色而是把结论沉淀为可复用的笔记。Agentero 的惯例是长期结论写进NOTES.md短期阅读动作留在marks/。NOTES.md是标准 Markdown推荐用下面的结构整理# 这篇论文解决了什么问题## 核心结论## 方法## 局限## 与我的研究的关系几个提升笔记质量的特性编辑器即开即用右侧 NOTES 面板基于 Plate 编辑器支持 Obsidian 风格 Callout、公式$a$、图片粘贴自动存入assets/双链组织文献网络输入[[即可从文件、标题、批注中搜索候选例如这篇工作扩展了 [[另一篇论文#实验设置]]状态栏实时显示反链嵌入 Vault 内容![[另一篇论文#实验设置]]可以把别的笔记区段嵌进来![[papers/example/NOTES批注id]]甚至能把某条 PDF 批注直接嵌进笔记跨工具自由NOTES.md可在 Agentero、Obsidian、VS Code 中继续编辑YAML frontmatter如aliases可通过工具栏 Properties 编辑不必改文件名就能用论文标题做双链搜索。如果不想手动整理还可以开启精读paper-reader资源齐全PDF TeX 或PAPER.md且未读过的论文点文件树论文行上的精读图标即可让 Agent 自动产出结构化笔记并写入NOTES.md也可在设置中开启自动精读。小结一条完整的论文精读动线步骤操作结果去向打开论文Library 点击 / 文件树打开PDF 左 NOTES 右分屏划词高亮拖选 → 选颜色 → 页缘写评论marks/视觉批注⌘.框选插图/公式 → 备注或提问marks/id.jsonmarks/assets/划词提问 / 翻译选区菜单 → Agent / 翻译服务marks/ 页边卡片沉淀笔记NOTES.md 写结论 双链引用批注NOTES.md整套工作流本地优先Vault 文件 Catalog 是事实来源标注永不污染原始 PDF。更多细节可查阅 docs/usage/read-and-organize.md、docs/frontend/pdf.md 以及 PDF 阅读器前端实现 src/components/viewer/pdf/pdf-viewer.tsx。按高亮 → 批注 → 提问 → 笔记这条动线走下来每篇精读过的论文都会变成你研究知识库里一个有结构的节点。赞分享【免费下载链接】Agentero为人与 Agent 协作而生的一站式科研工作台项目地址https://gitcode.com/gh_mirrors/ag/Agentero点击查看免费下载相关推荐SumatraPDF 批注编辑实战指南PDF 高亮、Ink 画笔与保存工作流全解析SumatraPDF 批注编辑实战指南PDF 高亮、Ink 画笔与保存工作流全解析 本指南围绕 SumatraPDF 的 PDF 批注编辑功能展开覆盖从最简桌面应用告别PDF批注烦恼Koodo Reader高亮与笔记功能全解析告别PDF批注烦恼Koodo Reader高亮与笔记功能全解析 你是否还在为电子书批注功能繁琐而困扰作为一款跨平台电子书管理与阅读工具Koodo Read桌面应用前端移动开发告别混乱批注Zotero-Better-Notes高效导出阅读笔记全指南告别混乱批注Zotero Better Notes高效导出阅读笔记全指南 你是否还在为学术论文中的批注整理而烦恼是否经历过导出笔记时公式错乱、引用丢失的尴尬知识管理科研AI 应用上一篇彻底解决Genesis项目Buffer model does not exist错误从原理到实践指南下一篇shadcn-svelte项目中Select组件默认值处理的最佳实践创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考