基于 CARE 清单的病例报告草稿合规框架clinical-reports 技能的 13 项结构化核查与发布安全门控【免费下载链接】scientific-agent-skillsTurn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000 scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100 scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/cl/scientific-agent-skills病例报告Case Report是医学期刊中最常见但也最容易被忽视质量控制的文体之一。本仓库scientific-agent-skills中的 clinical-reports 技能为 AI Agent 提供了一套以CARE 2013 检查清单CARE 2013 Checklist为骨架、2017 版解释与说明Explanation Elaboration为补充的病例报告草稿编制规范与本地确定性校验工具。本文以skills/clinical-reports/references/case_report_guidelines.md为绝对主体逐条解析 CARE 的 13 个标题结构、草稿安全边界、知情同意与去标识化约束、fail-closed故障关闭状态机以及结构完整不等于可投稿的评审门控并结合技能内置的 case_report_template.json、validate_case_report.py 与 test_scripts.py 源码讲清如何把一份可验证的病源事实清单安全转成符合 CARE 骨架的投稿前草稿。CARE 指南在病例报告中的定位与边界版本现状2013 清单 2017 解释依据该技能官方来源台账 sources.mdCARE 官方网站当前仍将2013 CARE Checklist认定为核心检查清单2017 年的解释与说明文档则提供条目理由rationale与写作范例examples。技能文档明确指出CARE 是病例报告的报告指南reporting guidance它并不授权任何人访问病案记录、不建立同意、不证明去标识化成立也不替代目标期刊的投稿须知。这一点被模板中的guidance字段固化为强制约束——见 case_report_template.jsonguidance: { name: CARE, checklist_version: 2013, explanation_version: 2017, target_journal_instructions_checked: false }对应地validate_case_report.py 中guidance.name必须是CARE、checklist_version必须是2013、explanation_version必须是2017三者任一不匹配都会把清单判定为BLOCKED而target_journal_instructions_checked若不为true只会产生 warning目标期刊须知仍未核对而非阻断——因为期刊规则本就不属于脚本能自动判定的事项只能由人核对。权威性声明的边界原文档特意强调一条容易误用的原则CARE 是报告时应遵循的写作指引不是临床行为授权也不构成合规证明。因此任何把通过了 CARE 校验误解为可以投稿/发表的表述都是越界的。校验器能做的仅有两件事确认全部标题具备一个允许的状态、以及每个条目都挂接了已核验的事实引用fact references。它不评判临床准确性也不评判 CARE 遵循程度——这一点在工具自述 limitations 中被写死Structure and provenance metadata only; no clinical-content validation.仅结构溯源元数据不做临床内容验证。CARE 十三项标题结构从论文标题到知情同意编写病例报告草稿时必须保留官方结构的十三项标题顺序不可随意调换。原文档给出如下权威顺序title标题key words关键词abstract摘要introduction引言patient information患者信息clinical findings临床发现timeline时间线diagnostic assessment诊断评估therapeutic intervention治疗干预follow-up and outcomes随访与结局discussion讨论patient perspective患者视角informed consent知情同意这些标题在源码中被原样固化为CARE_ITEMS元组。见 validate_case_report.pyCARE_ITEMS ( title, key_words, abstract, introduction, patient_information, clinical_findings, timeline, diagnostic_assessment, therapeutic_intervention, follow_up_and_outcomes, discussion, patient_perspective, informed_consent, )校验逻辑同时执行key 级白名单缺少任一CARE_ITEMS键、或出现任何不在该元组内的多余键都会被报为 error 并整体BLOCKED见校验器中missing_keys/extra_keys判断其效果是从数据结构上杜绝漏写章节或擅自增章两类漂移。子条目层面的细节则需以官方 2013 清单与 2017 解释为准技能引用台账 sources.md 已给出官方出处使用前应核对实时版本。安全使用草稿编制的硬性红线原文档Safe use一节列出了草稿编制阶段不可妥协的操作纪律。结合技能整体边界见 SKILL.md可归纳为以下可执行规则从模板起步所有病例报告草稿必须以 assets/case_report_template.json 为起点它天然以BLOCKED_INCOMPLETE_DRAFT_NOT_FOR_CLINICAL_USE_OR_SUBMISSION状态打开13 个 care_items 全部为missing、source_fact_ids为空数组。推荐用模板生成器产出本地副本而非手工建文件。只使用去标识化的源事实绝不复制原始图表或自由文本病案。对模板或脚本不得写入原始自由文本病历当存在结构化 source-fact manifest 时优先使用它。直接标识符与联系方式不得进入草稿 manifest。时间线用相对偏移表达在获得授权且科学上充分的前提下以研究/病例相对偏移量表示时间先后不得为了掩盖冲突而篡改时间顺序。诊断与治疗表述保持属性化事实仅作为来自授权记录的归属陈述保留脚本与 Agent 不得独立诊断、不得为治疗合理化、不得推荐诊疗方案。患者视角必须归属授权来源严禁编造引语。不确定性要留在明处缺失的随访、不良结局、局限性必须可见不得用流畅文字补全。不得抢先声称新颖性在责任作者完成文献审阅之前不得声称 novel。禁止由单病例推导因果或普适性治疗结论。这些红线在 SKILL.md 中被列为Non-Negotiable Boundary不可谈判边界例如不得从患者级叙述生成个例安全报告不得签名、背书、归档、报送、提交或修改源记录不得调用外部 LLM、图像服务、API 或另一技能。若请求越过边界正确的做法是中止不安全部分转而提供空白结构化模板、源事实清单或确定性结构校验并把临床/监管决策交给合格的负责人。知情同意与隐私两个独立问题一个共同红线CARE 把知情同意列为清单条目之一但模板本身无法取得或核实同意。原文档对同意与隐私的处理给出四条必须遵守的约束只记录由责任人工评审者核实过的同意状态。校验器对应地要求privacy.publication_consent_record必须是一个非空字符串引用指向本地同意状态记录没有值即为 error。不得创建一段千篇一律的已取得同意标准陈述——也就是说不得用模板脚本自动生成本研究已获得患者书面知情同意之类的固定句因为同意是否真的取得只能由人核实。发表同意与HIPAA 去标识化是两个独立问题同意发表不等于满足 HIPAA 去标识化反之亦然。在模板的privacy块中二者被拆成两个独立字段publication_consent_record与deidentification_process_record正是为了在数据层面防止混为一谈。去标识化并不必然消除全部再识别风险罕见病、小社区、图像、异常时间线、独特组合都可能残留再识别风险因此privacy.reidentification_risk_reviewed必须为true否则报 error。此外涉及期刊政策、机构政策、法律法规、伦理委员会政策以及未成年人、死者或无法同意者的情形都需要具备相应资质的评审介入——这类判断属于技能明示不做的范围does not establish legal, regulatory, ethical, journal, accreditation, or institutional compliance。模板privacy块的完整骨架如下privacy: { deidentification_process_record: null, publication_consent_record: null, image_or_media_included: false, reidentification_risk_reviewed: false }校验器validate_case_report.py会强制deidentification_process_record与publication_consent_record必须是非空字符串reidentification_risk_reviewed必须为trueimage_or_media_included必须为布尔值。Fail-closed 状态机四个允许状态与它们的语义原文档规定每个 CARE 条目必须且只能使用以下四种状态之一。这四种状态构成了一套默认阻断、逐步解锁的 fail-closed故障关闭语义其源码定义见 validate_case_report.pyALLOWED_ITEM_STATUSES { verified_present, not_applicable_with_rationale, missing, conflict, }状态语义校验器行为verified_present由一条或多条已核验的源事实 ID 支撑source_fact_ids必须非空否则 errorrequires at least one verified source factnot_applicable_with_rationale具备资质的评审者提供了已记录的 rationale不适用理由仅允许用于patient_perspectiveNA_ALLOWED {patient_perspective}且rationale必须是 1–500 字符的非空字符串missing缺失阻断结构就绪直接报 error 并整体BLOCKEDconflict源记录互相矛盾需人工裁决直接报 error 并整体BLOCKED状态机的几处关键约束值得单独强调not_applicable_with_rationale是白名单受限状态。源码中NA_ALLOWED {patient_perspective}validate_case_report.py意味着全表 13 项里只有患者视角允许被标记为不适用其余任何条目想用不适用都会被拒——这防止了用 N/A 把难以补齐的章节洗白。verified_present必须有事实背书。仅填状态而不给source_fact_ids等同于missing。知情同意条目不可被脚本豁免。原文档原话The consent item cannot be waived by the script. consent 条目处于missing或未解决状态含conflict时将阻断发表交接publication handoff。测试用例 test_scripts.py 直接验证了这套门控把timeline条目改成missing后validate_case_manifest返回BLOCKED且错误信息中包含该条目名把patient_name之类的未知顶层字段塞入 manifest同样返回BLOCKED。合格评审清单结构通过 ≠ 允许投稿原文档在最后给出投递前必须完成的合格评审范围。在提交任何期刊之前责任作者与相应的临床、隐私/法律、机构评审者必须逐项核验源记录准确性与时间线source accuracy and chronology同意与授权consent and authorization隐私与图像/元数据处理privacy and image/metadata handling术语与临床解读terminology and clinical interpretation讨论部分的论断与引文discussion claims and citations冲突、局限性、不良结局conflicts, limitations, and adverse outcomes目标期刊的现行投稿须知the target journals current instructions。之所以要逐项人工核验是因为校验器的结构判读边界清晰STRUCTURE_COMPLETE_REVIEW_REQUIRED不是允许提交的许可。这一语义在源码中贯穿始终——validate_case_report.py 中只要无 error 就返回STRUCTURE_COMPLETE_REVIEW_REQUIRED同时固定输出review_required: True与authorizes_clinical_use_or_submission: False反之只要存在任一 error 便返回BLOCKED。与此同时模板review块的三个评审字段qualified_clinical_review、privacy_legal_review、accountable_author_review若不为completed会产生 warning而submission_authorized若不为false则直接报 error——在草稿 manifest 内投稿授权字段必须保持 false。测试 test_scripts.py 也验证了这一点即便一个 13 项全部verified_present、评审全completed的完美 manifest其状态仍是STRUCTURE_COMPLETE_REVIEW_REQUIRED且authorizes_clinical_use_or_submission恒为False。实操闭环从模板生成到校验运行将上述规范落到命令行是整套框架最具实战价值的部分。以下命令来自 SKILL.md 的安全编制工作流Safe Drafting Workflow全部为纯 Python 标准库、本地有界文件、无网络依赖第一步查看可用模板并生成病例报告草稿副本PYTHONDONTWRITEBYTECODE1 python3 scripts/generate_report_template.py --list PYTHONDONTWRITEBYTECODE1 python3 scripts/generate_report_template.py \ --type case-report \ --output ./case-report-draft.json生成器generate_report_template.py只做复制 本地路径白名单校验不做任何插值、不填充临床内容、默认不覆盖已存在文件覆盖需显式--overwrite也不宣告就绪。从源码看它还通过_common.py中的local_output_path拒绝了符号链接、URI scheme 与网络路径保证纯本地闭环。第二步逐字段填充已核验事实保持draft_status原封不动只有存在支持性 fact ID 时才把null替换为值不确定性、not assessed 必须原样保留不得把原始观察翻译成诊断、编码、分级、分期、严重性、因果性、预期性或推荐意见not_applicable_with_rationale仅在合格评审者提供了 rationale 时使用源记录与草稿始终分离详见 SKILL.md。第三步运行本地确定性校验PYTHONDONTWRITEBYTECODE1 python3 scripts/validate_case_report.py \ ./case-report-draft.json输入文件经由 _common.py 的load_json_object检查必须是.json、≤1 MB、UTF-8、无重复键、节点数与深度有上限、字符串无非法控制字符——其目的在于即使输入是恶意或病态结构脚本也保持 fail-closed不进入任何网络或动态求值路径。校验通过时的退出码为 0BLOCKED时退出码为 1并可用-o输出结构化 JSON 报告。当其他报告类型需要时技能还提供对应的结构校验器例如临床试验结果CONSORT/SPIRIT 2025 与 ICH E3 结构用 validate_trial_report.py、不良事件聚合表、术语 schema、去标识化流程文档、溯源一致性与算术一致性校验命令参考 SKILL.md。每一类工具输出的成功状态同样带review_required: True语义。结语草稿允许失败关闭发布只允许人门开启将 case_report_guidelines.md 与技能源码对照可以得出整条使用哲学结构问题用确定性脚本fail closed临床与伦理判断留给人。CARE 2013 的 13 项标题、四个 fail-closed 状态、知情同意不可脚本豁免、去标识化不等于零再识别风险、STRUCTURE_COMPLETE_REVIEW_REQUIRED不等于可投稿——这一连串规则在 JSON 模板、Python 校验器与单元测试三层被同一套常量与断言固化。因此实践者获得的是一条清晰可复核的路径以本地模板起步 → 仅填挂接事实 ID 的字段 → 用无依赖脚本验证结构 → 交由临床、隐私/法律、作者与期刊四方评审 → 在submission_authorized由人置为 true 之前所有草稿都停留在BLOCKED / REVIEW_REQUIRED状态。这正是此类安全受限 Agent 技能应当具备的形态它可以帮你把结构砌得严丝合缝却永远不会替你说可以投稿。【免费下载链接】scientific-agent-skillsTurn any AI agent into an AI Scientist. 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