项目速览项目Star统计时间主要功能AI4S 领域本周更新简要Wisp Science1,0532026-08-28 09:18在本地项目中串联文献检索、科学数据库查询、Python/R 计算、远程运行和证据留存科研 Agent、计算生物学v1.6.0/v1.7.0 增加浏览采集、轨迹导出和 DNA 片段选择RDKit3,5662026-08-28 09:18读取、标准化、检索和描绘分子并生成建模所需的描述符与分子指纹化学信息学、药物研发补充大分子模板处理并做稳定性修复Nextflow3,4762026-08-28 09:18把多步科研分析编排成可在本机、集群和云上复现的计算流程科学计算、科研工作流可直接运行脚本中的具名工作流DifferentialEquations.jl3,1512026-08-28 09:18求解多类微分方程并支持灵敏度分析、参数估计和科学机器学习数值模拟、科学机器学习v8.1.0 增加预编译工作负载维护兼容性MatterGen1,8032026-08-28 09:18按化学体系、对称性或目标性质生成候选无机晶体并评估新颖性与稳定性材料生成、晶体设计统一 TRI2024 参考能量换算口径OmicVerse1,1902026-08-28 09:18在一个 Python 平台中分析 bulk、单细胞和空间转录组数据生物信息学、多组学单细胞通信分析新增 CellPhoneDB Method 3pertpy3372026-08-28 09:18比较基因、药物、环境或疾病扰动前后的单细胞状态单细胞扰动分析1.3.0 让 scGen 更独立并把 JAX 改为可选1. Wisp Science把检索、计算和证据留在同一个研究工作区Wisp Science 是一个面向计算与数据密集型研究人员、用于组织 AI 辅助研究全过程的桌面工作台。它把文献检索、约 80 个科学数据库、Python/R 运行环境、远程计算和项目文件放在同一个本地优先工作区中。研究人员可以用自然语言描述任务附上数据或论文再让智能体在本机、WSL 或 SSH 主机上执行分析同时保留人工审批关口。它产出的不只是对话答案还包括计算文件、图表、运行记录、研究决定、草稿和可追溯的证据包。项目由独立开源社区维护。本周发布的 v1.6.0 和 v1.7.0 增加了真实浏览器中的文章与资源采集、会话轨迹 HTML 导出、本地 DNA 序列区间选择并加强了凭据和工作区边界保护。图Wisp Science 工作区把任务对话、远程运行和结果文件放在同一界面中来源为仓库文档原图。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28项目存档与机构信息访问日期2026-08-28v1.6.0 Release发布日期2026-08-22访问日期2026-08-28v1.7.0 Release发布日期2026-08-26访问日期2026-08-282. RDKit把分子结构变成可检索、可计算的数据对象RDKit 是一个面向化学信息学研究人员、用于处理分子结构和准备机器学习特征的软件工具箱。它可以把 SMILES——一种用字符编码分子结构的记法——以及 SDF、MOL 等结构文件转成程序可操作的分子对象。研究人员可用它清理与标准化结构、做子结构或相似性搜索、生成二维图和三维构象并计算描述符与分子指纹。典型产出包括规范化结构、分子图、候选命中列表和供性质预测模型使用的特征表。项目由 RDKit 独立开源社区维护。本周提交补充了大分子模板相关处理并继续修复立体化学和构建稳定性问题。图RDKit 将一组分子对象绘制成带编号的二维结构网格来源为官方 RDKit Book 原图。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28RDKit 组织页访问日期2026-08-28官方功能概览访问日期2026-08-28RDKit Book大分子自包含结构表示访问日期2026-08-28本周期提交记录访问日期2026-08-283. Nextflow让同一条科研流程在笔记本、集群和云端复现Nextflow 是一个面向计算科研团队、用于编排可扩展且可复现分析流程的工作流系统。它把每个命令行工具或脚本包装成有明确输入和输出的步骤再按数据依赖自动安排执行顺序。研究人员向流程提供样本文件、参数和软件环境说明后可在本机、高性能计算集群、主流云平台或 Kubernetes 上运行同一套流程并用 Conda 或容器固定依赖。除科学结果文件外它还能产出执行日志、资源报告、任务时间线和流程图便于追踪失败步骤与复现实验。项目由 Seqera 团队开发并与开源社区共同维护。本周提交增加了直接执行脚本中具名工作流的能力减少了从多工作流脚本选择入口时的额外配置。图Nextflow 的 HTML 执行报告汇总运行状态、命令、耗时和任务信息来源为官方 Reports 文档。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28Nextflow 团队与维护方说明访问日期2026-08-28官方功能概览访问日期2026-08-28具名工作流直接执行提交提交日期2026-08-27访问日期2026-08-28原始论文发布日期2017-04-11访问日期2026-08-284. DifferentialEquations.jl从动力学方程得到数值轨迹和可训练模型DifferentialEquations.jl 是一个面向动态系统研究人员、用于数值求解微分方程和构建科学机器学习模型的计算工具套件。用户可以在 Julia 中定义方程、初始条件和参数也可通过接口从 Python 或 R 调用。它覆盖常微分方程、随机微分方程、延迟方程、微分代数方程和部分偏微分方程并能把同一问题交给不同算法、GPU 或并行批量模拟。求解结果可表现为时间轨迹、插值解和相图还能继续用于灵敏度分析、参数估计、不确定性量化或含神经网络组件的动力学模型训练。项目由 SciML 开源共同体维护。本周发布的 v8.1.0 增加预编译工作负载重点改善安装后的首次加载体验其余以兼容维护为主。图官方示例依次展示动力系统轨迹、有限元泊松方程解和多组随机模拟结果来源为仓库示例原图。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28SciML 项目与社区访问日期2026-08-28v8.1.0 Release发布日期2026-08-24Asia/Shanghai访问日期2026-08-28官方引用页访问日期2026-08-28原始软件论文发布日期2017-05-25访问日期2026-08-285. MatterGen按目标性质生成候选无机晶体MatterGen 是一个面向材料设计研究人员、用于按条件生成无机晶体结构的生成模型。研究人员可以选择无条件基础模型也可以给出化学体系、空间群、磁性密度、带隙、体积模量或多项组合约束。模型从随机结构逐步生成原子种类、坐标和周期晶格结果可保存为 CIF 压缩包、XYZ/EXTXYZ 文件和生成轨迹。配套评估流程会松弛候选结构并输出新颖性、唯一性和预测稳定性等指标方便先筛出值得进一步计算的晶体。仓库同时提醒默认的机器学习力场评估不等同于密度泛函理论计算形成科研结论前仍应使用更可靠的量子化学方法复核。项目由微软研究院 AI for Science 团队开源。本周提交修正了 TRI2024 参考能量的换算和配套数据使候选晶体与稳定性基线采用一致尺度。图MatterGen 先学习对原子种类、坐标和晶格去噪再按化学组成、对称性或性质条件生成晶体来自论文 Figure 1“A generative model for inorganic materials design”。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28微软研究院 AI for Science 团队页访问日期2026-08-28原始论文发布日期2025-01-16访问日期2026-08-28TRI 参考能量修正合并日期2026-08-21访问日期2026-08-286. OmicVerse统一处理 bulk、单细胞和空间转录组分析OmicVerse 是一个面向转录组研究人员、用于统一分析 bulk RNA-seq、单细胞和空间转录组数据的 Python 平台。这里的 bulk RNA-seq 是把组织中许多细胞的表达信号合在一起测量而单细胞数据会保留每个细胞的差异。研究人员可输入表达矩阵和样本元数据完成质量控制、批次整合、差异表达、通路富集、细胞注释、轨迹推断和细胞通信等分析。它会产出细胞群、标记基因、通路、互作网络和可视化结果其中 BulkTrajBlend 还尝试借助 bulk 数据恢复单细胞测序中可能遗漏的细胞状态。项目由北京科技大学牵头的多机构团队开发并由开源社区持续维护。本周提交为 CellPhoneDB Method 3——一种推断细胞间配体与受体通信的统计流程——增加了直接支持。图BulkTrajBlend 结合 bulk 与单细胞表达矩阵生成候选细胞状态并识别可能遗漏的细胞群来自论文 Figure 1“OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing”。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28官方文档访问日期2026-08-28原始论文与机构信息发布日期2024-07-16访问日期2026-08-28CellPhoneDB Method 3 支持提交提交日期2026-08-27访问日期2026-08-287. pertpy比较基因、药物或环境变化如何影响单个细胞pertpy 是一个面向单细胞实验研究人员、用于分析细胞扰动效应的 Python 框架。“扰动”指基因编辑、药物处理、环境变化或疾病状态等会改变细胞状态的条件。它接收保存为 AnnData 或 MuData 的单细胞与多模态数据并结合处理组、对照组和样本元数据整理实验。研究人员可以得到差异表达、细胞群丰度变化、扰动间距离、反应预测和作用机制富集等结果也能把外部药物与细胞系数据库注释接入同一流程。项目由 scverse 开源共同体维护关联论文团队以亥姆霍兹慕尼黑计算生物学研究所为主要机构。本周发布的 1.3.0 将 scGen 扰动预测重新实现为不再依赖 scvi-tools并把 JAX 设为可选组件同时补上统计设计与结果标签的一致性检查。图pertpy 从不同类型的扰动数据和外部元数据出发形成扰动空间并输出差异表达、丰度变化、距离和反应预测等结果来自论文 Figure 1“Pertpy: an end-to-end framework for perturbation analysis”。资料来源官方 GitHub 仓库访问日期2026-08-28scverse 组织说明访问日期2026-08-28原始论文与机构信息发布日期2025-12-31访问日期2026-08-281.3.0 Release发布日期2026-08-24Asia/Shanghai访问日期2026-08-281.3.0 官方变更记录访问日期2026-08-28
