RFdiffusion蛋白质设计实战一条命令跑通8类结构生成【免费下载链接】RFdiffusionCode for running RFdiffusion项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusionRFdiffusion基于扩散模型从零生成蛋白质骨架也支持围绕已有结构做受控设计。本文按任务类型梳理它能帮你做什么并带你跑通第一个无条件设计任务。它到底在做什么RFdiffusion把蛋白质骨架看作一个坐标与旋转序列先用SE(3)等变网络从纯噪声逐步去噪去噪结束就得到一条完整骨架轨迹。说白了它解决的是从头设计这个老问题给一段约束还你一个可折叠的骨架。你输入的是contig字符串比如150-150表示150残基单体A10-25表示取输入PDB的A链10-25残基作为基序和一个可选的PDB文件输出是.pdb骨架残基全部为甘氨酸侧链不可信、记录本次配置的.trb文件以及/traj/目录下的去噪轨迹。序列不用你操心后续交给ProteinMPNN补上就行。RFdiffusion去噪生成蛋白质骨架的整体流程能帮你解决什么问题从零生成不依赖任何结构输入无条件蛋白生成只给长度区间模型自行决定折叠与长度用来探索新折叠空间最快。对应 examples/design_unconditional.shcontig写成100-200即每次随机采样该区间长度。无条件生成的骨架与轨迹示例对称寡聚体换用config/inference/symmetry.yaml配置指定inference.symmetryc4、d2或tetrahedral并配合olig_contacts接触势促进链间界面。对应 examples/design_tetrahedral_oligos.sh。对称寡聚体设计结果示例围绕已有结构基序、靶标直接可用基序搭建motif scaffolding固定功能位点如催化残基模型补齐整个骨架。对应 examples/design_motifscaffolding.sh以RSV-F蛋白A链163-181为例若基序只有零星几个残基加inference.ckpt_override_pathmodels/ActiveSite_ckpt.pt换用活性位点模型。结合剂设计contig里放靶标加链断裂符/0再加新生成链用ppi.hotspot_res[A59,A83,A91]指定热点残基绑定位置就锁死了。对应 examples/design_ppi.sh。带约束生成加噪多少、拓扑全你说了算部分扩散partial diffusion对已知结构加噪一部分再去噪保留整体折叠的同时批量探索变体。对应 examples/design_partialdiffusion.sh用diffuser.partial_T10控制加噪程度噪声越多差异越大。部分扩散在保留折叠的同时引入变异折叠条件生成用二级结构和块邻接信息约束生成拓扑比如指定生成TIM barrel。先用helper_scripts/make_secstruc_adj.py从PDB转出.pt输入再开scaffoldguided.scaffoldguidedTrue。对应 examples/design_timbarrel.sh。大环肽设计RFpeptides加inference.cyclicTrue和inference.cyc_chainsa就能生成带环化约束的肽配合热点残基可做靶向结合肽。对应 examples/design_macrocyclic_binder.sh。RFpeptides大环肽结合剂设计结果跑通你的第一个设计任务5分钟克隆仓库git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion建环境并安装SE(3)模块conda env create -f env/SE3nv.yml进env/SE3Transformer执行python setup.py install再回根目录pip install -e .。之后每次运行前都要conda activate SE3nv。下载模型权重到models/目录bash scripts/download_models.sh models跑一个150残基的无条件单体一条命令搞定./scripts/run_inference.py contigmap.contigs[150-150] inference.output_prefixfirst_run inference.num_designs5看结果输出前缀目录下每个设计有.pdb全甘氨酸骨架、.trb本次contig与配置记录和/traj/轨迹文件.pdb直接丢进PyMOL就能看。已有目标结构的话把inference.input_pdbinput_pdbs/5TPN.pdb contigmap.contigs[10-40/A163-181/10-40]拼上去就是完整的基序搭建任务参考 examples/design_motifscaffolding.sh。接下来往哪走最值得深挖的是辅助势机制potentials配置项接触势、底物势都能在去噪过程中实时引导轨迹是加约束生成这类任务的核心实现代码在rfdiffusion/potentials/potentials.py照着写新势函数不难。下一步建议做一遍tutorials/protein_binder_design/的完整流程从扩散生成结合剂骨架到骨架评估与筛选各步骤脚本都是现成的。【免费下载链接】RFdiffusionCode for running RFdiffusion项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考